PCR-SRAP/ITAP PARA LA CARACTERIZACIÓN MOLECULAR DEL GÉNERO Theobroma

Resumen

El mejoramiento genético del cacao (Theobroma cacao L.) puede apoyarse con técnicas moleculares de bajo costo y altamente informativas. En este estudio se utilizaron iniciadores para la detección de polimorfismos amplificados de secuencias relacionadas (SRAP) y polimorfismos amplificados relacionado a intrones (ITAP) para la caracterización molecular del género Theobroma. Los genotipos Carmelo, Lagarto, PMCT 58, CATIE R1 y CATIE R6 se evaluaron a través de ADN genómico mediante 43 combinaciones de pares de iniciadores tipo SRAP y 55 combinaciones de pares de iniciadores tipo ITAP mediante PCR. Una vez seleccionados los iniciadores SRAP e ITAP altamente polimórficos, se verificó su utilidad para distinguir entre genotipos de cacao Criollo, Trinitario, Forastero y especies relacionadas al género Theobroma. Para analizar el polimorfismo, las bandas SRAP e ITAP de igual tamaño y movilidad generadas por la misma combinación para los genotipos evaluados se consideraron como idénticas para ese locus. Se generó una matriz binaria con el registro de ausencia (0) o presencia (1) de bandas para cada locus. Con la matriz se calculó la similitud genética de Jaccard. Con los valores de similitud se generó un dendrograma mediante el procedimiento de promedios de grupos no ponderados (UPGMA). Se calculó el contenido de información polimórfica (PIC) y poder de resolución (RP) por combinación de iniciadores. Con la técnica SRAP se generaron 312 bandas, y se encontró un polimorfismo promedio de 44 %, un PIC de 0.17 y un RP de 1.92 en promedio. Con la técnica ITAP se generaron 931 bandas, así como un polimorfismo promedio de 69 %, un PIC de 0.27 y un RP de 7.5. El análisis individual generado por cada combinación de iniciadores permitió seleccionar 10 pares de iniciadores para SRAP y 11 para ITAP. Los datos generados por las combinaciones Me1/Em7, Me6/Em3 y Me6/Em7 de SRAP en interacción con las combinaciones Itpr3/Em10 e Itpr4/Em3 de ITAP mostraron mayor capacidad para distinguir entre tipos genéticos de cacao y especies relacionadas al género Theobroma.